| Tez Künye | Durumu | ||
| Exploring novel BMAL1 interactions / Yeni BMAL1 etkileşimlerinin belirlenmesi Yazar:KEVSER ÇİLENK Danışman: PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK Yer Bilgisi: Gebze Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics Dizin: | Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2022 69 s. | ||
| Sirkadiyen saat, metabolik, fizyolojik ve davranışsal süreçleri yaklaşık 24 saatlik ritimlerde düzenleyen hemen hemen tüm organizmalarda bulunan mekanizmadır. Bu ritimler, transkripsiyon-translasyon geri besleme döngüsü (TTFL) mekanizması tarafından üretilir. TTFL’nin pozitif kolunda, CLOCK ve BMAL1 transkripsiyon faktörleri, sirkadiyen saat tarafından düzenlenen genlerin (CCG) ekspresyonunu trans-aktive eder. Bu CCG’lerden ikisi, CRY (CRYPTOCHROME) ve PER (PERIOD), TTFL’nin negatif kolunda işlev görür ve ürünleri, CLOCK-BMAL1 aktivitesini inhibe etmek için sitoplazmadan çekirdeğe göç ederler. Pozitif ve negatif kollar arasındaki bu inhibisyon ve aktivasyon, aynı zamanda konsolidatör (yardımcı) döngüler ve translasyon sonrası modifikasyonlar tarafından da ayarlanarak CCG’lerdeki salınımları üretir. Sirkadiyen saatteki bozukluklar kanser, uyku bozuklukları ve metabolik sendrom gibi çeşitli patolojik durumlarla ilişkilidir. Bu çalışmada, daha önce laboratuvarımızda yakınlığa bağlı biyotinilasyon tanımlama (BioID) tekniği kullanılarak keşfedilmiş olan yeni BMAL1 protein-protein etkileşimlerini doğrulamayı amaçladık. Bu etkileşimler, birlikte immünopresipitasyon yöntemiyle doğrulandı. Bu amaçla, HA etiketli interaktörlerin, 3xFLAG-BMAL1’i eksprese eden HEK293T hücrelerinde anlatımı sağlandı. Anti-FLAG antikorlarıyla çökeltilmiş komplekslerde interaktörlerin varlığı, anti-HA immünoblotlama ile analiz edildi. Bu çalışmada BMAL1’in keşfedilmemiş etkileşimleri doğrulanırken, bu çalışma bu etkileşimlerin özgün işlevleri olduğunu ve bu etkileşimlerin işlevsel çalışmalarının yeni reaksiyon mekanizmalarını ortaya çıkarabileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: BMAL1, Sirkadiyen Saat, Protein-Protein Etkileşimleri, İnteraktör, Ko-İmmünopresipitasyon | |||
| The circadian clock is the mechanism found in almost all organisms that regulates metabolic, physiological, and behavioral processes in approximately 24-hour rhythms. These rhythms are generated by the transcription-translation feedback loop (TTFL) mechanism. In the positive arm of the TTFL, CLOCK and BMAL1 transcription factors transactivate the expression of circadian clock-regulated genes (CCGs). Two of these CCGs, CRY (CRYPTOCHROME) and PER (PERIOD) function in the negative arm of the TTFL, and their products translocate into the nucleus to inhibit CLOCK-BMAL1 activity. This inhibition and activation between positive and negative arms generate the oscillations in the CCGs which are also tuned by consolidator loops and post-translational modifications. Disturbances in the circadian clock are associated with various pathological conditions such as cancer, sleep disorders, and metabolic syndrome. In this study, we aimed to confirm the novel BMAL1 protein-protein interactions which were discovered in our laboratory using the proximity-dependent biotinylation identification (BioID) technique. These interactions were confirmed by a co-immunoprecipitation method. For this purpose, HA-tagged interactors were expressed in HEK293T cells expressing 3xFLAG-BMAL1. The presence of interactors in anti-FLAG precipitated complexes were analyzed with anti-HA immunoblotting. We confirmed some of these interactions, which suggests that BMAL1 has some undiscovered functions and functional studies of these interactions may reveal novel reaction mechanisms. Key Words: BMAL1, Circadian Clock, Protein-Protein Interactions (PPI), Interactor, co-Immunoprecipitation (co-IP) | |||