| Tez Künye | Durumu | ||
| Effects of miR-376 family miRNAs on CHRNA5 depleted MCF7 cell line model and co-culture competition studies / CHRNA5 ifadesi düşürülmüş MCF7 meme kanseri hücre hattı modelinde miR-376 familya mikroRNA’larının etkileri ve ko-kültür rekabet çalışmaları Yazar:RAFED SAİD TİRYAKİ Danışman: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI Yer Bilgisi: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı Konu:Biyokimya = Biochemistry ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics Dizin: | Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2019 104 s. | ||
| Kolinerjik reseptör nikotinik alfa 5 (CHRNA5) ligand kapılı iyon kanalları olan nikotinik asetilkolin reseptörlerinin alt birimlerinden biridir. CHRNA5’in tümörgenezde rolü, daha önce akciğer dokusunda gösterilmiştir. Yüksek CHRNA5 ekspresyonunun, akciğer kanserinde daha kötü prognoza ile korelasyonu gösterilmiştir. Buna ek olarak, laboratuvar üyelerimiz yakın zamanda meme kanseri hücre hattı MCF7’deki CHRNA5 ifadesinin deplesyonunun antiproliferatif etkilerini olduğunu göstermiştir (TÜBİTAK 111T316). Bu MS tezinin baz alındığı çalışmada ise, CHRNA5 deplesyonunun mikroRNA ekspresyon profili üzerindeki etkileri araştırılmış ve miR-376 familyası mikroRNA’larının iki üyesinin ifadelerinde (miR-376a-3p ve miR-376c-3p) anlamlı bir azalma tanımlanmıştır. Bu iki mikroRNA’nın etkilerini test etmek için ekspresyon seviyeleri, CHRNA5 tüketilmiş MCF7 hücrelerinde, mikroRNA mimik sistemleri kullanılarak kurtarılmıştır. CHRNA5 siRNA ile miR-376a mimik uygulamasının arasındaki sinerjizmi ve/veya antagonizmini araştırmak için bir mikrodizilim çalışması yapılarak dahil olan sinyal yolları tanımlanmıştır. İlgili genlerin ifadeleri, her iki mikroRNA için RT-qPCR ile test edildikten sonra gen ifade kurtarımının, hücre fenotipi ve hücre canlılığı üzerindeki etkileri, sırasıyla faloidin boyaması ve MTT deneyleri kullanılarak kontrol edilmiştir. Daha sonra, farklı flüoresan molekülleri eksprese eden MCF7 hücre hatları kullanılarak bir ko-kültür bazlı rekabet protokolü geliştirilmiş olup akış sitometresi ve flüoresan görüntüleme metotları ile hücreler arası rekabet değerlendirilmiştir. Sonuçlar, si-CHRNA5’in ve miR-376 ailesinden iki üyenin mikroRNA mimikleri birlikte kombinasyonel etkilerinin antitümör etkilerinin artışını desteklediği görülmüştür. | |||
| Cholinergic receptor nicotinic alpha 5 (CHRNA5) is a ligand-gated ion channel and one of the subunits of nicotinic acetylcholine receptors. Role of CHRNA5 in tumorigenesis has been initially shown in the lung tissue in which higher CHRNA5 expression has been significantly correlated with worse prognosis in lung cancer. In addition, our laboratory members recently shown that CHRNA5 depletion in breast cancer cell line MCF7 is antiproliferative (TUBITAK 111T316). In present study, effects of CHRNA5 depletion on miRNA expression profile were investigated and a significant decrease in the expressions of two members of the miR-376 family miRNAs, miR-376a-3p and miR-376c-3p, were identified. To test the effects of these two miRNAs, mimics were used in combination with CHRNA5 depletion on MCF7 cell line model. To investigate the synergism and/or antagonism of miR-376a mimic with CHRNA5 siRNA treatment a microarray study was performed and the signaling pathways involved were identified. Expressions of genes of interest were tested with RT-qPCR for both miRNAs. In addition, the effects of rescue on the cell phenotype and viability were also studied by using phalloidin staining and MTT experiments, respectively. Next a co-culture-based competition assay was developed using MCF7 cell lines expressing different fluorescent molecules to assess competition by both flow cytometer and fluorescent imaging. In summary, the results revealed that combinational treatments of si-CHRNA5 together with the miRNA mimics of two members from miR-376 family revealed enhancement of the antitumor effects. This study has been supported by TUBITAK (grant no. 114S367). | |||