| Tez Künye | Durumu | ||
| Balıklardan izole edilen Bacillus cinsi bakterilerin bazı metabolik özelliklerinin belirlenmesi, plazmid DNA ve protein profillerinin incelenmesi / Determination of the some metabolic characteristics, plasmid DNA and protein profiles of Bacillus bacteria isolated from fishes Yazar:PINAR MURSALOĞLU Danışman: PROF. DR. YAVUZ BEYATLI Yer Bilgisi: Gazi Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology Dizin:Antimikrobiyal aktivite = Antimicrobial activity ; Bacillus = Bacillus ; Balıklar = Fishes ; Plazmit DNA = Plasmit DNA ; Protein profili = Protein profile ; Yalıtım = Insulation | Onaylandı Doktora Türkçe 2003 175 s. | ||
| BALIKLARDAN İZOLE EDİLEN BACILLUS CİNSİ BAKTERİLERİN BAZI METABOLİK ÖZELLİKLERİNİN BELİRLENMESİ, PLAZMİD DNA VE PROTEİN PROFİLLERİNİN İNCELENMESİ (Doktora Tezi) Pınar MURSALOĞLU GAZİ ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Aralık 2003 ÖZET Bu çalışmada, çeşitli balık örneklerinden toplam 30 adet Bacillus cinsi bakteri izole edilmiştir. Bakterilerin tanımlama testleri sonucunda; 4 adet Bacillus pasteurii, 3′ er adet Bacillus badius, Bacillus circulans, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus thuringiensis, 2′ şer adet Bacillus brevis, Bacillus cereus, Bacillus sphaericus, Bacillus subtilis ve 1′ er adet Bacillus coaqulans, Bacillus lentus, Bacillus pumilus olarak tanımlanmıştır. Bakterilerin toplam hücre protein profillerinin sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS – PAGE) ile analizi yapılmış ve proteinlerin moleküler ağırlıkları 20 – 230 kD arasında olduğu bulunmuştur. SDS – PAGE analiz sonuçlan, aynı türe ait suşların protein profillerinin birbirine benzer olduğunun ve diğer türlerden de farklı olduğunu göstermiştir. Araştırmada, Bacillus suşlarının Skim Milk Agar (SMA) besiyerinde proteolitik aktiviteleri incelenmiştir. Yapılan inceleme sonucunda Bacillus suşlarında 2,20 – 13,60 mm zon çapında proteolitik aktivite belirlenirken, 6 susta da proteolitik aktivite gözlenmemiştir.u Bacillus suşlarının hidrojen sülfür üretimleri TSİ (Triple Sugar Iron) Agar besiyerinde incelenmiş olup, suşlann hiç birinin hidrojen sülfür üretmediği belirlenmiştir. Bacillus suşlarının bazı patojen ve kontaminant olan Bacillus subtilis ATCC 6633, Escherichia coli ATCC 11230, Micrococcus flavus T.I.M., Pseudomonas aeroginosa ATCC 29212, Pseudomonas fluoresceins RSKK 240, Staphylococcus aureus 4-43 ve Yersinia enterolitica ATCC 1501 üzerine inhibisyon etkileri agar diffüzyon yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Bacillus suşlarının E. coli, M. flavus, P. aeroginosa, S. aureus ve V. enterolitica üzerine antimikrobiyal etkilerinin olmadığı gözlenmiştir. Bacillus subtilis üzerinde Bacillus cereus P11 (5,05 mm zon çapı), Bacillus thuringiensis P30 (5,70 mm zon çapı); Pseudomonas fluorescens üzerinde Bacillus subtilis P9 (5,80 mm zon çapı), Bacillus pasteurii P12 (4,95 mm zon çapı) ve Bacillus licheniformis P25 ‘in (5,00 mm zon çapı) inhibisyon etkilerinin olduğu saptanmıştır. Diğer taraftan Bacillus suşlarının Lactobacillus casei HS1, Lactobacillus coryneformis HS18, Lactobacillus jensenii HS30, Lactobacillus plantarum HC13 ve Lactobacillus xylosus HC9 gibi laktik asit bakterileri üzerine inhibisyon etkileri araştırılmıştır. Bacillus suşlarının L. casei ve L. jensenii üzerine antimikrobiyal etki göstermedikleri belirlenmiştir. L. coryneformis üzerinde Bacillus cereus P13 (3,90 mm zon çapı), Bacillus thuringiensis P27 (4,50 mm zon çapı), Bacillus thuringiensis P28 (4,55 mm zon çapı); L. plantarum üzerinde Bacillus licheniformis P25 (2,90 mm zon çapı), Bacillus licheniformis P26 (3,25 mm zon çapı); L. xylosus üzerinde Bacillus megaterium P4 (3,50 mm zon çapı) ve Bacillus megaterium P7’ nin (2,75 mm zon çapı) inhibisyon etkileri gözlenmiştir.Ill Ayrıca, çalışmada laktik asit bakterilerinin Bacillus spp. suşlan üzerine inhibisyon etkileri de araştırılmıştır. Laktik asit bakterilerinin Bacillus suşlan üzerine inhibisyon etkilerinin farklı düzeylerde olduğu tespit edilmiştir. Bacillus spp. suşlarının poli – P – hidroksibütirat (PHB) üretimleri spektrofotometrik olarak belirlenmiş ve bakterilerin PHB verimleri hücre kuru ağırlıklarına göre % 0,81 – 23,38 arasında bulunmuştur. Yüksek düzeyde PHB üretimi gerçekleştiren bazı Bacillus suşlarının farklı karbon ve azot kaynaklan ile kombine besiyerindeki PHB üretimleri incelenmiştir. Çalışmada, Bacillus spp. suşlarının plazmid DNA profilleri araştırılarak, moleküler ağırlıkları tespit edilmiştir. İzolatların yalnız sekizinde plazmid DNA belirlenmiştir. Bu suşların plazmid sayılan 2 ile 4 arasında olup, moleküler ağırlıkları 4,72 – 21,69 kb arasında olduğu bulunmuştur. Bilim Kodu : 216 Anahtar Kelimeler : Balık, Bacillus, İzolasyon, Protein Profili, Antimikrobiyal Aktivite, Proteolitik Aktivite, Biyoplastik (PHB) Üretimi, Plazmid DNA Sayfa Adedi : 157 Tez Yöneticisi : Prof. Dr. Yavuz BEYATLI | |||
| IV DETERMINATION OF SOME METABOLIC CHARACTERISTICS, PLASMID DNA AND PROTEIN PROFILES OF BACILLUS BACTERIA ISOLATED FROM FISHES (Ph. D. Thesis) Pınar MURSALO?LU GAZI UNIVERSITY INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHONOLOGY December 2003 ABSTRACT In this study a total of thirty Bacillus bacteria were isolated from various fish samples. According to the result of identification tests; 4 strains were identified as Bacillus pasteurii, 3 strains were identified as Bacillus badius, Bacillus circulans, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus thuringiensis, 2 strains were identified as Bacillus brevis, Bacillus cereus, Bacillus sphaericus, Bacillus subtilis and 1 strains were identified as Bacillus coaqulans, Bacillus lentus, Bacillus pumilus. Total cell protein profiles of bacteria were analysed by sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS – PAGE) and the molecular weights of proteins were found to be ranging between 20 – 230 kD. The results of the SDS – PAGE analysis were showed that the strains belonging to the same category had similar protein profiles and that they were different from the others. In the research, proteolytic activities of Bacillus strains were tested in Skim Milk Agar (SMA). As a result of the investigation, it was determined that the proteolytic activities of Bacillus strains were.^-‘ranged between 2.20 – 13.60 mm zones. Six strains of Bacillus bacteria were not showed any proteolytic activities. Triple Sugar Iron (TSI) were used to estimate hydrogen sulfide production by Bacillus strains. It was determined that Bacillus strains did not produce hydrogen sulfide. The inhibition effects of Bacillus strains on some pathogen and contaminant being Bacillus subtilis ATCC 6633, Esherichia coli ATCC 11230, Micrococcus flavus T.Î.M., Pseudomonas aeruginosa ATCC 29212, Pseudomonas fluorescens RSKK 240, Staphylococcus aureus 4- 43 and Yersinia enterolitica ATCC 1501 were investigated by using the agar diffusion method. None of Bacillus strains had showed antimicrobial activity on E. coli, M. flavus, P. aeroginosa, S. aureus and Y. enterolitica. The inhibition effects of Bacillus subtilis P9, Bacillus pasteurii P12, Bacillus licheniformis P25 on P. fluorescens were measured 5.80, 4.95 and 5.00 mm as diameter zone respectively. Bacillus cereus P11 and Bacillus thuringensis P30 inhibited Bacillus subtilis by 5.05 and 5.70 mm inhibition zones. On the otherhand, the inhibition effects of Bacillus strains on lactic acid bacteria such as Lactobacillus casei HS1, Lactobacillus coryneformis HS18, Lactobacillus jensenii HS30, Lactobacillus plantarum HC13, Lactobacillus xylosus HC9 were investigated. None of Bacillus strains were showed antimicrobial effect on L casei and L. jensenii. The inhibition effects of Bacillus cereus P13, Bacillus thuringJensis P27, Bacillus thuringiensis P28 on L. coryneformis were measured 3.90, 4.50 and 4.55 mm as diameter zone respectively. Bacillus licheniformis P25 and Bacillus licheniformis P26 inhibited L. plantarum by 2.90 and 3.25VI mm inhibition zones. Also, the inhibition effects öf Bacillus megaterium P4 and Bacillus megaterium P7 on L. xylosus were measured 3.50 and 2.75 mm as diameter zone respectively. Besides, the inhibition effects lactic acid bacteria on isolated Bacillus spp. strains were also investigated. It was found that the lactic acid bacteria had inhibited Bacillus strains, in different levels of inhibition zones. Poly – p – hydroxybutyrate (PHB) productions of Bacillus spp. strains were determined by spectrophotometric method and PHB efficiencies of the Bacillus bacteria depending on their dry cell weights were found to be ranged between 0.81 – 23.38 %. Besides, Bacillus spp. strains having the highest PHB production were analysed in terms of their PHB production under certain conditions such as carbon, nitrokjen source and the combined media. In the research, plasmid DNA of the Bacillus spp. strains were investigated and molecular weigths of the plasmid DNA were determined. Only eight strains were carried 2-4 plasmid DNA and their molecular weights were ranged between 4.72 -21.69 kb. Science code : 216 Key words : Fish, Bacillus, Isolation, Protein Profile, Antimicrobial Activity, Proteolytic Activity, Bioplastic (PHB) Production, Plasmid DNA. Page Number : 157 Advisor : Prof.Dr. Yavuz BEYATLI | |||