| Tez Künye | Durumu | ||
| Gene expression profiling of hedgehog pathway genes in epithelial cancers / Epitel kanserlerde hedgehog yolağı genlerinin gen ifade profili Yazar:ÖZLEM AKILLI ÖZTÜRK Danışman: DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ Yer Bilgisi: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology Dizin: | Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2006 147 s. | ||
| Hedgehog (Hh) sinyal yolu birçok kanser tipinde incelenmiş ve önemli etkileri olduğugösterilmiştir ama meme, kolon ve karaciğer kanserlerinde kapsamlı olarakçalışılmamıştır. Bu çalışmada BCL2, SHH, SMO, IHH, PTCH1, GLI1, GLI2 ve GLI3 genifadesi profili 15 meme, 14 kolon ve 15 hepatoselüler karsinom (HSK) hücre hattında, 29primer meme tümörü örneğinde ve 3 eşleştirilmiş normal doku örneği havuzunda nicelgerçek zamanlı RT-PCR ile analiz edilmiştir. Meme hücresi hatlarının Hh yolundakihedef gen ifadesi düzeyi farklıdır ve bu yol sadece bazı meme karsinomu hücre hatlarındamuhtemelen liganddan bağımsız bir yolla aktive edilir. Çalışılan tüm meme kanserihatlarında PTCH1, SMO, GLI3 ve BCL2 ifadesi yüksek bulunmuştur. Hedef genlerinifade profilleri çalışılan meme hücresi hatlarının %93’ünde estrojen reseptörü durumunudoğru tahmin etmiştir. HSK hücre hatlarında Hh yolu gen ifadesi profili iyifarklılaşmamış HSK hücre hatlarını iyi farklılaşmış olanlardan Ayırdedici FonksiyonAnalizi (DFA) kullanıldığında kusursuz olarak ayırmıştır. Yüksek SMO ve IHHifadelerinin iyi farklılaşmış HSK hücre hatlarında normal dışı Hh yolu aktivitesi içinbelirteçler olduğu bulunmuştur. Kolon kanseri hücre hatlarında bazı genler içindüzenlemesi bozulmuş ifade profili gözlenmiştir. Primer meme tümörü örneklerindeörneklerin ER durumunun öngörülmesi ile bu çalışmaya dahil edilen genlerin ifadesiarasında çok kuvvetli bir ilişki bulunmuştur.Bu çalışma kanser hücre hatları ve meme kanseri doku örneklerinde Hh yolunun anahedef genlerinin transkripsiyonel gen ifadesi profillerini gösteren ilk kapsamlı çalışmadır. | |||
| The Hedgehog (Hh) pathway has been investigated in many cancer types and shown tohave important effects, but not effectively studied in breast, colon and liver cancers. Inthis study, gene expression profile of Hh pathway was analyzed in breast, colon, andhepatocellular carcinoma (HCC) cell lines and primary breast tumor samples byquantitative real-time RT-PCR. Breast cell lines have different levels of target geneexpression in the Hh pathway, such that this pathway is activated only in some of the celllines possibly through a ligand-independent pathway. In the breast cancer cell lines,PTCH1, SMO, GLI3 and BCl2 had high expression. Expression profiles predictedestrogen receptor status correctly in 93% of the cell lines. Hh pathway gene expressionprofile differentiates poorly differentiated HCC cell lines from well differentiated ones inDiscriminant Function Analysis (DFA) perfectly. High SMO and IHH expressions havebeen found to be markers for aberrant Hh pathway activity in the well differentiated HCCcell lines. In colon cancer cell lines deregulated expression profile among the genes wereobserved. In primary breast tumor samples, there was a very strong prediction for ERstatus of the samples. This is the first comprehensive study that shows the geneexpression profiles of the main target genes of the Hh pathway in cancer cell lines andbreast cancer tissue samples. | |||