| Tez Künye | Durumu | ||
| Molecular cloning and characterization of the common 1b subtype of HCV from Turkey / Türkiye’de baskın olarak görünen hepatit C virüsü 1b alt tipinin moleküler klonlanması ve karakterizasyonu Yazar:ASLI ÖZTAN Danışman: PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK Yer Bilgisi: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology Dizin:Genom = Genome ; Hepatit C = Hepatitis C ; Klonlama = Cloning | Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 1999 86 s. | ||
| ÖZET TÜRKİYE DE BASKIN OLARAK GÖRÜNEN HEPATİT C VİRÜSÜ lb ALT TİPİNİN MOLEKÜLER KLONLANMASI VE KARAKTERİZAS YONU Aslı Öztan Moleküler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Tez Yöneticisi: Prof. Mehmet Öztük Temmuz 1999 Hepatit C Virüsü dünyada akut ve kronik hepatitin en önemli nedenidir. Hepatit C Virüsü enfeksiyonlarını yüzde 80 ile yüzde 90 gibi bir oranı kronikleşir ve buna bağlı olarak siroz, karaciğer yetmezliği ve karaciğer kanseri gibi hastalıklara sebep olur. Hepatit C Virüsü ilk defa 1989 yılında örtüşen bir çok kopya DNA’nın klonlanması ile bulunmuştur. Bu zarflı, pozitif tek iplikli RNA virüsü 9.5 kilobazlık bir genoma sahiptir. Genom organizasyonuna göre HCV Flaviviridae virus ailesinin altında Hepasivirusler diye adlandırılan yeni bir generada sınıflandırılmıştır. Virüsün tek iplikli RNA genomu 3010 ile 3030 amino asitten oluşan tek bir polypeptid sentezleyen açık okuma çerçevesi içerir ve viral ya da hücre proteazlan tarafindan Core, El, E2/p7, NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A ve NS5B virüs proteinlerine parçalanır. Dizi analizi, serotipleme ve RFLP metodlar ile virüs genomunun çok sayıda değişime uğradığı anlaşılmıştır. Şimdiye kadar farklı coğrafi alanlara yayılmış 6 değişik genotip ile 74 civarında altip bulunmuştur. Virüs genomunun dizisinde gözlemlenen hızlı değişim genomun tüm bölgelerine eşit şekilde dağılmamıştır. 5′- UTR, 3′-UTR’m bir kısmı ve kapsid proteini en çok korunan bölgelerdir. Türk popülasyonunda en çok rastlanan genotip 5′ UTR dizi analizinin yapılması ile lb olarak saptanmıştır. Bu çalışmada da ilk Türk HCV izolatının karakterize edilmesi ve virüsün evriminin incelenmesi amacı ile bir Türk hastadan izole edilen Hepatit C Virüsü genomu klonlanmış ve dizi analizi yapılmıştır. İzlenen yöntemler virüs RNA sının hastanın serumundan izole edilmesi, kopya DNA nın sentezlenmesi, genomun örtüşen 7 tane polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılması, bu fragmentların bakteri plasmidlerine klonlanması ve klonlanan bölgelerin otomatik dizi analizi yöntemi ile analiz edilmesidir. Klonlamış HCV genomunun %70 lik dizi verisine göre, Türk lb genotipinin diğer lb genotipleriyle homolojisi yüksek olmakla birlikte, bazi amino asit farklılıkları da belirlenmiştir. Elimizdeki verilere göre, bu çalışma Türkiye’den HCV genomu yapısıyla ilgili ilk rapordur. Burada elde edilen HCV alt genom parçalan ileride Türkiye’de baskın olan bu alt tür ile ilgili moleküler ve immünolojik çalışmalarda kullanılabilecektir. Anahtar Kelimeler: Hepatit C Virüsü; lb; genome; klonlama; sekanslama; Türkiye izolatı. iv | |||
| ABSTRACT MOLECULAR CLONING and CHARACTERIZATION OF THE COMMON lb SUBTYPE OF HCV FROM TURKEY Ash Öztan MSc. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Prof. Mehmet Öztürk July 1999 Hepatitis C Virus is a major cause of acute and chronic hepatitis worldwide. 80-90% of Hepatitis C Virus infections become chronic and 75% of these cases lead to liver disease, including cirrhosis, liver failure and hepatocellular carcinoma. Hepatitis C Virus was first identified by molecular cloning of the viral genome in 1989. Hepatitis C Virus is an enveloped virus containing a positive stranded RNA genome with a size of around 9.5 kilobases. In terms of genomic organization, it was accepted as a member of Flaviviridae family as a new genus named Hepaciviruses. The single-stranded RNA genome encodes a single open reading frame, which is transcribed into a single polypeptide of 3010 or 3030 amino acids and cleaved into viral proteins Core, El, E2/p7, NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A, NS5B by host and viral proteases. Sequencing, serotyping and RFLP studies indicate that Hepatitis C Virus genome is highly variable. There are six distinct genotypes and at least 74 subtypes with different distributions between the geographic areas. Variability is not equally distributed throughout the genome. 5′ UTR, some parts of the 3′ UTR and capsid protein are the most conserved regions. The predominant genotype in the Turkish population was found to be lb by sequencing of the 5′-UTR. In this study, the entire sequence encompassing the complete coding region and partial non coding regions of the genotype lb obtained from a HCV-infected Turkish patient was cloned to investigate its evolutionary relationship with other genotypes and to study its overall genome organization,. In order to characterize the viral genome, viral RNA was extracted from the serum, cDNA was synthesized, the HCV genome was amplified by PCR in 7 overlapping fragments, PCR fragments were cloned into bacterial vectors and cloned inserts were sequenced by automated sequencing methodology. The partial sequence data covering 70% of the cloned HCV genome indicate that the Turkish lb genotype displays high homology to other lb genotypes, but differs from others by distinct amino acid changes. To our knowledge, this is the first report about the HCV genome structure from Turkey. The HCV subgenomic fragments obtained here will serve to further molecular and immunologic studies on this dominant form of HCV found in Turkish patients. Key Words: Hepatitis C Virus; lb; genome; cloning; sequencing; Turkish Isolate. m | |||